纺织工程系是在学院“建立以服务地方主导产业发展为主的专业学科结构”的办学指导思想下，面向福建省纺织服装产业的发展及未来，依托“福建省高等学校服务产业特色专业-纺织工程专业”建立的，成立于2005年。纺织工程系依托纺织工程专业，现有在校学生约200余人。

纺织工程系师资力量强，目前专业教师共11名，其中教授2名，副教授7名；博士10人，海归博士1人；45岁及以下青年教师比例达90%以上；其中5人入选福建省科技人才，7人入选“闽都学者”优秀人才；4人受聘担任外校硕士生导师。拥有一支福建省高等学校科技创新团队，一支闽江学院教学团队以及客座教授若干。此外还引进了王明葵、彭会涛等优秀企业技术人员和管理人员担任聘用制专任教师，此类兼职教师总数超过专任教师总数的20%，“双师双能型”教师占专任教师的比例达到59%。

办学十几年以来，一直以服务地方纺织产业、培养应用型人才为特色，致力于培养具有创新意识、实践能力和国际视野，并在纺织服装材料、纺织品设计领域具有专长的高素质应用型人才。目前本系拥有福建省唯一纺织类省级重点学科-纺织科学与工程，省级科技创新团队“功能纺织纤维”，省级“实验教学示范中心”、福建省新型功能性纺织纤维材料重点实验室、姚穆院士工作站、纺织服装福建省高校工程研究中心等省市级教学科研平台，并于2016年入选福建省高等学校服务产业特色专业，2017年学院被评为硕士点培育建设单位，纺织科学与工程也入选为福建省高等学科应用型学科建设项目，2018年纺织服装专业群被列为福建省示范性应用型专业群建设，纺织工程专业也顺利通过了台湾中华工程教育学会IEET工程及科技教育认证，2019年纺织工程专业获批福建省双一流特色专业，2020年获批国家级新工科研究与改革实践项目。纺织工程专业学生培养质量得到极大提升，承担国家和省级大学生创新创业项目23项，获国家级大赛奖项12项、省级大赛奖项13项，发表学术论文27篇，授权国家专利34项。

纺织工程系坚持以纺织工程服务地方特色专业为依托，坚持“不求最大，但求最优”的办学理念，以转变教育思想和观念为先导，以提高学生就业创业能力、培养具有国际视野和较强“四创”能力的高素质应用型人才为目标，积极拓展研究生教育，提升办学层次，最终建成服务地方特色产业、总体水平省内一流、部分国内领先的纺织工程专业。